Thực thể là gì? Các công bố khoa học về Thực thể

AutoDock Vina, một chương trình mới dành cho việc docking phân tử và sàng lọc ảo, được giới thiệu trong bài viết này. AutoDock Vina có tốc độ xử lý nhanh hơn khoảng hai bậc so với phần mềm docking phân tử phát triển trước đây trong phòng thí nghiệm của chúng tôi (AutoDock 4), đồng thời cải thiện đáng kể độ chính xác trong dự đoán cách thức gắn kết, theo các thử nghiệm của chúng tôi trên tập hợp đào tạo đã sử dụng để phát triển AutoDock 4. Tốc độ xử lý còn được gia tăng nhờ sự song song hóa, sử dụng đa luồng trên các máy đa lõi. AutoDock Vina tự động tính toán các bản vẽ lưới và nhóm kết quả một cách rõ ràng cho người sử dụng. © 2009 Wiley Periodicals, Inc. Tạp chí Comput Chem 2010

Coot là một ứng dụng đồ họa phân tử chuyên dùng cho việc xây dựng và thẩm định mô hình phân tử sinh học vĩ mô. Chương trình hiển thị các bản đồ mật độ điện tử và các mô hình nguyên tử, đồng thời cho phép thực hiện các thao tác mô hình như chuẩn hóa, tinh chỉnh không gian thực, xoay/chuyển tay chân, hiệu chỉnh khối cố định, tìm kiếm phối tử, hydrat hóa, đột biến, phối hợp và chuẩn hóa Ramachandran. Hơn nữa, các công cụ cũng được cung cấp để thẩm định mô hình cũng như giao diện với các chương trình bên ngoài để tinh chỉnh, thẩm định và đồ họa. Phần mềm được thiết kế để dễ dàng học hỏi cho người dùng mới, nhờ vào việc đảm bảo rằng các công cụ cho những tác vụ thông thường có thể được phát hiện thông qua các thành phần giao diện người dùng quen thuộc (menu và thanh công cụ) hoặc bởi hành vi trực quan (điều khiển bằng chuột). Những phát triển gần đây đã tập trung vào việc cung cấp các công cụ cho người dùng chuyên nghiệp, với các phím tắt có thể tùy chỉnh, mở rộng và một giao diện kịch bản phong phú. Phần mềm đang trong giai đoạn phát triển nhanh chóng, nhưng đã đã đạt được sự phổ biến rộng rãi trong cộng đồng tinh thể học. Tình trạng hiện tại của phần mềm được trình bày, cùng với mô tả các tiện ích có sẵn và một số phương pháp cơ bản được sử dụng.

Một phương trình mới và tương đối đơn giản cho đường cong áp suất chứa nước trong đất, θ(h), được giới thiệu trong bài báo này. Dạng cụ thể của phương trình này cho phép đưa ra các biểu thức phân tích dạng khép kín cho độ dẫn thủy lực tương đối, K_r, khi thay thế vào các mô hình độ dẫn dự đoán của N.T. Burdine hoặc Y. Mualem. Các biểu thức thu được cho K_r(h) chứa ba tham số độc lập có thể được xác định bằng cách điều chỉnh mô hình giữ nước trong đất đã đề xuất với dữ liệu thực nghiệm. Kết quả thu được từ các biểu thức khép kín dựa trên lý thuyết Mualem được so sánh với dữ liệu độ dẫn thủy lực quan sát cho năm loại đất có đặc tính thủy lực khác nhau. Độ dẫn thủy lực không bão hòa được dự đoán tốt trong bốn trên năm trường hợp. Kết quả cho thấy rằng việc mô tả hợp lý đường cong giữ nước trong đất ở mức chứa nước thấp là quan trọng để dự đoán chính xác độ dẫn thủy lực không bão hòa.

Mục tiêu: Phát triển một công cụ sàng lọc nhận thức kéo dài 10 phút (Đánh giá Nhận thức Montreal, MoCA) để hỗ trợ các bác sĩ tuyến đầu trong việc phát hiện suy giảm nhận thức nhẹ (MCI), một trạng thái lâm sàng thường tiến triển thành sa sút trí tuệ.

Thiết kế: Nghiên cứu xác thực.

Địa điểm: Một phòng khám cộng đồng và một trung tâm học thuật.

Người tham gia: Chín mươi bốn bệnh nhân đáp ứng tiêu chí lâm sàng MCI được hỗ trợ bởi các biện pháp tâm lý, 93 bệnh nhân mắc bệnh Alzheimer nhẹ (AD) (Điểm kiểm tra trạng thái tinh thần Mini-Mental (MMSE) ≥17), và 90 người cao tuổi khỏe mạnh đối chứng (NC).

Đo lường: MoCA và MMSE đã được thực hiện cho tất cả người tham gia, và độ nhạy và độ đặc hiệu của cả hai biện pháp đã được đánh giá để phát hiện MCI và AD nhẹ.

Kết quả: Sử dụng điểm cắt 26, MMSE có độ nhạy là 18% để phát hiện MCI, trong khi MoCA phát hiện 90% các trường hợp MCI. Trong nhóm AD nhẹ, MMSE có độ nhạy là 78%, trong khi MoCA phát hiện 100%. Độ đặc hiệu là xuất sắc cho cả MMSE và MoCA (100% và 87%, tương ứng).

Kết luận: MCI như một thực thể đang phát triển và có phần gây tranh cãi. MoCA là một công cụ sàng lọc nhận thức ngắn gọn với độ nhạy và độ đặc hiệu cao cho việc phát hiện MCI như đã được hiểu hiện tại ở bệnh nhân có điểm số trong phạm vi bình thường trên MMSE.

Nghiên cứu hiện tại phát triển và kiểm tra một mô hình lý thuyết mở rộng của Mô Hình Chấp Nhận Công Nghệ (TAM) nhằm giải thích sự hữu ích cảm nhận và ý định sử dụng dựa trên ảnh hưởng xã hội và các quá trình nhận thức công cụ. Mô hình mở rộng, gọi là TAM2, đã được thử nghiệm bằng cách sử dụng dữ liệu theo chiều dọc thu thập được từ bốn hệ thống khác nhau tại bốn tổ chức (N = 156), trong đó hai hệ thống có tính chất sử dụng tự nguyện và hai hệ thống bắt buộc. Các cấu trúc mô hình được đo lường tại ba thời điểm tại mỗi tổ chức: trước khi triển khai, một tháng sau khi triển khai, và ba tháng sau khi triển khai. Mô hình mở rộng nhận được sự hỗ trợ mạnh mẽ cho cả bốn tổ chức ở cả ba thời điểm đo lường, chiếm tới 40%–60% sự biến thiên trong cảm nhận về tính hữu ích và 34%–52% sự biến thiên trong ý định sử dụng. Cả hai quá trình ảnh hưởng xã hội (chuẩn mực chủ quan, tính tự nguyện, và hình ảnh) và các quá trình nhận thức công cụ (liên quan đến công việc, chất lượng kết quả, khả năng chứng minh kết quả, và cảm nhận về sự dễ sử dụng) đều có ảnh hưởng đáng kể đến sự chấp nhận của người sử dụng. Những phát hiện này nâng cao lý thuyết và đóng góp vào cơ sở cho nghiên cứu trong tương lai nhằm cải thiện việc hiểu biết về hành vi chấp nhận của người dùng.

Bài báo này đề xuất một mô hình mới để quản lý các khía cạnh động của quá trình tạo ra tri thức trong tổ chức. Chủ đề chính xoay quanh việc tri thức tổ chức được tạo ra thông qua một cuộc đối thoại liên tục giữa tri thức ngầm và tri thức rõ ràng. Bản chất của cuộc đối thoại này được xem xét và bốn mô hình tương tác liên quan đến tri thức ngầm và tri thức rõ ràng được xác định. Bài báo lập luận rằng, mặc dù tri thức mới được phát triển bởi các cá nhân, tổ chức đóng vai trò quan trọng trong việc diễn giải và khuếch đại tri thức đó. Một khung lý thuyết được xây dựng nhằm cung cấp góc nhìn phân tích về các chiều kích cấu thành sự tạo ra tri thức. Khung lý thuyết này sau đó được áp dụng vào hai mô hình tác nghiệp nhằm thúc đẩy sự tạo ra tri thức tổ chức phù hợp một cách động.

Lee S. Shulman xây dựng nền tảng cho cải cách giảng dạy dựa trên một quan niệm về giảng dạy nhấn mạnh đến sự hiểu biết và lập luận, sự biến đổi và sự phản ánh. "Sự nhấn mạnh này là hợp lý," ông viết, "bởi sự kiên quyết mà theo đó nghiên cứu và chính sách đã trắng trợn bỏ qua những khía cạnh của giảng dạy trong quá khứ." Để trình bày và biện minh cho quan điểm này, Shulman trả lời bốn câu hỏi: Các nguồn gốc của cơ sở tri thức cho giảng dạy là gì? Làm thế nào để có thể khái niệm hóa những nguồn này? Các quá trình lý luận và hành động sư phạm là gì? và Những hệ quả cho chính sách giảng dạy và cải cách giáo dục là gì? Các câu trả lời — được thông tin bởi triết học, tâm lý học và số lượng ngày càng tăng của nghiên cứu tình huống dựa trên những người thực hành trẻ tuổi và có kinh nghiệm — đi xa hơn nhiều so với những giả định và sáng kiến cải cách hiện tại. Kết quả đối với những người thực hành giáo dục, học giả và nhà hoạch định chính sách là sự chuyển hướng lớn trong cách giảng dạy được hiểu và giáo viên được đào tạo và đánh giá.

Bài báo này đã được chọn cho số đặc biệt tháng 11 năm 1986 về "Giáo viên, Giảng dạy, và Đào tạo Giáo viên", nhưng xuất hiện ở đây do những yêu cầu cấp bách của việc xuất bản.

Với những giả định về đặc tính của tri thức và các yêu cầu tri thức của sản xuất, doanh nghiệp được khái niệm hóa như một tổ chức tích hợp tri thức. Đóng góp chính của bài báo là khám phá các cơ chế điều phối mà qua đó các doanh nghiệp tích hợp tri thức chuyên môn của các thành viên của mình. Khác với tài liệu trước đây, tri thức được nhìn nhận là tồn tại trong từng cá nhân, và vai trò chính của tổ chức là ứng dụng tri thức hơn là tạo ra tri thức. Lý thuyết hình thành này có những tác động đối với cơ sở của khả năng tổ chức, các nguyên tắc thiết kế tổ chức (đặc biệt là phân tích hệ thống cấp bậc và sự phân bố quyền ra quyết định) và các yếu tố quyết định của ranh giới ngang và dọc của doanh nghiệp. Nhìn chung, cách tiếp cận dựa trên tri thức mở ra cái nhìn mới về những đổi mới tổ chức hiện hành và xu hướng phát triển, đồng thời có những tác động sâu rộng đến thực tiễn quản lý.

MolProbity là một dịch vụ web xác thực cấu trúc cung cấp đánh giá chất lượng mô hình dựa trên nhiều tiêu chí chắc chắn ở cả cấp độ toàn cục và cục bộ cho cả protein và axit nucleic. Nó phụ thuộc nhiều vào sức mạnh và độ nhạy được cung cấp bởi việc đặt hydro tối ưu và phân tích tiếp xúc toàn nguyên tử, bổ sung bởi các phiên bản cập nhật của hình học cộng hóa trị và tiêu chí góc xoay. Một số sửa chữa cục bộ có thể được thực hiện tự động trong MolProbity và tất cả các chẩn đoán đều được trình bày dưới dạng biểu đồ và đồ họa giúp hướng dẫn việc xây dựng lại thủ công. Kỹ thuật tinh thể X-quang cung cấp một lượng lớn dữ liệu phân tử quan trọng sinh học dưới dạng cấu trúc ba chiều nguyên tử của protein, axit nucleic và các phức hợp ngày càng lớn ở nhiều hình thức và trạng thái khác nhau. Những tiến bộ trong tự động hóa, từ tinh thể hóa đến thu thập dữ liệu, từ phân pha đến xây dựng mô hình và tinh chỉnh, đã làm cho việc giải cấu trúc bằng cách sử dụng tinh thể học trở nên dễ dàng hơn bao giờ hết. Tuy nhiên, mặc dù có những cải tiến này, các lỗi cục bộ có thể ảnh hưởng đến việc giải thích sinh học vẫn phổ biến ở độ phân giải thấp và thậm chí các cấu trúc độ phân giải cao hầu như đều chứa ít nhất một vài lỗi cục bộ như các điểm ngoại lệ Ramachandran, các chuỗi bên protein nhánh bị đảo ngược và các cấu trúc đường không chính xác. Việc có những phương pháp dễ dàng và đáng tin cậy để chẩn đoán và sửa chữa các loại lỗi này trong cấu trúc là rất quan trọng cho cả nhà tinh thể học và người sử dụng cuối. MolProbity là sự đóng góp của các tác giả nhằm giúp giải quyết vấn đề này, và bài báo này đánh giá khả năng chung của nó, báo cáo về các cải tiến và cách sử dụng gần đây, và đưa ra bằng chứng rằng các cải tiến thu được hiện đang ảnh hưởng tích cực đến cơ sở dữ liệu toàn cầu.

Kết quả của việc xác định cấu trúc tinh thể đơn khi ở định dạng CIF hiện đã có thể được xác thực một cách tự động. Theo cách này, nhiều lỗi trong các tài liệu được công bố có thể được tránh. Phần mềm xác thực sinh ra một bộ ALERTS nêu chi tiết các vấn đề cần được thực hiện bởi nhà thực nghiệm, tác giả, người phản biện và tạp chí xuất bản. Việc xác thực đã được tiên phong bởi tạp chí IUCrActa Crystallographica Section Cvà hiện đang là quy trình tiêu chuẩn cho các cấu trúc được gửi để công bố trong tất cả các tạp chí IUCr. Việc thực hiện quy trình xác thực bởi các tạp chí khác đang được tiến hành. Bài báo này mô tả các khái niệm về xác thực và các loại kiểm tra được thực hiện bởi chương trìnhPLATONnhư một phần của tiện ích IUCrcheckCIF.PLATONxác thực có thể được thực hiện ở bất kỳ giai đoạn nào của việc tinh chỉnh cấu trúc, độc lập với gói xác định cấu trúc được sử dụng, và được khuyến nghị sử dụng như một công cụ định kỳ trong hoặc ít nhất là vào cuối mỗi sự xác định cấu trúc. Hai ví dụ được thảo luận nơi các quy trình xác thực phù hợp có thể đã tránh được sự công bố những cấu trúc không chính xác đã có những hậu quả nghiêm trọng cho hóa học liên quan.